With the development of parallel technology and wide range of applications in this field, the performance analysis has become one of the most challenging aspect of Parallel Paradigm. This paper is about a research work on a well-known parallel algorithm – Best k-mismatches Alignment Problem. The objective of this paper is to attain and implement the practicality of this parallel algorithm to achieve faster computational speed. The motive for this algorithm is to improve the processing by decreasing the workload or in other terms reducing the search space. The real time implementation for this algorithm exists in the field of bioinformatics, where this approach is used to find the best match between a genome cells. The actual algorithm proposed is in compatible to PLX, FERMI supercomputers and ERNE(Extended Randomized Numerical aligner) package. In this paper, to implement the solution the concept of multithreading in Java has been used

چکیده

با توسعه تکنولوژی موازی سازی و طیف گسترده ای از برنامه های کاربردی در این زمینه، ارزیابی عملکرد به یکی از جنبه های چالش برانگیز الگوی عملی موازی سازی تبدیل شده است. این مقاله در مورد یک کار تحقیقاتی در یک الگوریتم موازی–بهترین مسئله ترازبندی عدم تطابق-شناخته شده است. هدف از این مقاله دستیابی و پیاده سازی عملی این الگوریتم موازی برای رسیدن به سرعت محاسباتی سریعتر می باشد. انگیزه این الگوریتم بهبود پردازش با استفاده از کاهش حجم کاری و یا در شرایط دیگر، کاهش فضای جستجو می باشد. یک پیاده سازی زمان واقعی برای این الگوریتم در زمینه بیوانفورماتیک وجود دارد، که در آن، این روش برای پیدا کردن بهترین تطابق بین یک سلول ژنوم می باشد. الگوریتم واقعی پیشنهاد شده، در سازگاری با PLX، ابر رایانه های FERMI و بسته ERNE (هم تراز کننده عددی تصادفی گسترش یافته) می باشد. در این مقاله، برای پیاده سازی راه حل، مفهوم چند نخی در جاوا استفاده شده است.

1-مقدمه

با گسترش در زمینه بیوانفورماتیک، گسترش فن آوری های جدید منجر به اختراع ترتیب سنج های نسل جدید می شود. این ترتیب سنج ها می توانند مقدار زیادی از داده ها را در زمان بسیار کمتری تولید کنند. این ترتیب سنج ها در واقع برای تولید تعدادی از الگوهای رشته ای مانند می باشند، که بازهای نوکلئوتیدی هستند. از لحاظ بیولوژیکی، این حروف بر آدنین، سیتوزین، گوانین و تیمین دلالت دارند. هنگامی که این مرحله از تولید توالی ژنوم انجام شود، مرحله بعدی مرحله هم ترازی است...