چکیده
کلروپلاست یک اندامک سلولی مهم اتوتروف است که دارای ملکول DNA دو رشته ای، حلقوی و مستقل به نام ژنوم کلروپلاستی می باشد. DNA کلروپلاستی (cpDNA) دارای ژن های ضروری برای حفظ و عملکرد خود می باشد. چند جزء از فتوسیستم ها و پروتئین هایی که در مسیرهای بیوسنتزی نقش دارند نیز توسط ژنوم کلروپلاستی کد می شوند. تحقیق در مورد خزانه ژنتیکی این اندامک به علت طبیعت محافظت شده، اندازه کوچک، سازماندهی ژنی پایدار و توانایی بیان ترانس ژنیک آن حیاتی می باشد. بنابراین اطلاعات در مورد توالی cpDNA در تحقیقات فیلوژنتیک و تاکسونومی ملکولی گیاهان سودمند می باشد. تلاشها برای توالی یابی ژنوم کلروپلاستی با تکنولوژی های کلونینگ متداول و توالی یابی زنجیره-انتهایی آغاز شده است. پایگاه داده های مانند CGDB و GOBASE در میان سایرین بیشتر تثبیت شده و توالی های cpDNA کامل تری گزارش شده اند. در حال حاضر تکنیک های بیولوژی ملکولی ظریفی شامل توالی یابی تفنگی، تکثیر حلقوی غلتان (RCA)، تکثیر، توالی یابی و تفسیر پلاستئوم (ASAP) و توالی یابی نسل بعدی برای تسریع در خروجی داده ها استفاده می شوند. افزایش چند برابری در واگذاری توالی های cpDNA در پایگاه داده های نوکلئوتید، چالش در آنالیز داده های عمیق ظهور تفسیر، گردایش و نرم افزار فیلوژنتیک را القا می کند. اخیرا نرم افزار بیوفورماتیکسی برای بررسی های ژنوم کلروپلاستی گزارش شده که متشکل از DOGMA برای تفسیر، موقعیت SCAN-SE, ARAGON و PREP برای آنالیز RNA و نظر CG برای آنالیز مقایسه ای/ ساختاری نقشه حلقوی می باشد. الگوریتم های سریعتری برای ساختن مجدد فیلوژنتیک براساس نظم-ژن و آنالیز خودراه انداز توجه جامعه محققین را به خود جلب کرده است. روش های کنونی در استراتژی های توالی یابی و بیوانفورماتیکس با رفرنس به ژنوم های کلروپلاستی پتانسیل بالایی انجام می شود که جنبه های پنهان این اندامک سلولی اجدادی را مشخص کند.
1-مقدمه
کلروپلاست اندامک سلولی ضروری است که در سلول های گیاهی و جلبک های فتوسنتز کننده یافت می شود. براساس فرضیه تکاملی، کلروپلاست توسط درون همزیستی بین پروتیست های غیرفتوسنتز کننده و سیانوباکتری های فتوسنتز کننده تکامل یافته است....
میتوانید از لینک ابتدای صفحه، مقاله انگلیسی را رایگان دانلود فرموده و چکیده انگلیسی و سایر بخش های مقاله را مشاهده فرمایید