Abstract
Bacteria lack subcellular compartments and harbor a single RNA polymerase that synthesizes both structural and protein-coding RNAs, which are cotranscriptionally processed by distinct pathways. Nascent rRNAs fold into elaborate secondary structures and associate with ribosomal proteins, whereas nascent mRNAs are translated by ribosomes. During elongation, nucleic acid signals and regulatory proteins modulate concurrent RNA-processing events, instruct RNA polymerase where to pause and terminate transcription, or act as roadblocks to the moving enzyme. Communications among complexes that carry out transcription, translation, repair, and other cellular processes ensure timely execution of the gene expression program and survival under conditions of stress. This network is maintained by auxiliary proteins that act as bridges between RNA polymerase, ribosome, and repair enzymes, blurring boundaries between separate information-processing steps and making assignments of unique regulatory functions meaningless. Understanding the regulation of transcript elongation thus requires genome-wide approaches, which confirm known and reveal new regulatory connections
چکیده
باکتری ها فاقد بخش های داخل سلولی می باشند و دارای یک RNA پلی مرازهستند که RNAs های کد کننده پروتئین و ساختاری را سنتز می کنند که هر دو توسط مسیرهای مجزایی رونویسی می شوندrRNA ها به صورت یک ساختار ثانویه چین می خورند و به صورت مرتبط با ریبوزوم ها باقی می مانند، در این صورت mRNA می تواند توسط ریبوزوم ترجمه شود. در طی طویل سازی، سیگنال های نوکلوئیک اسید و پروتئین های تنظیمی فرایندهای پردازش RNA را تسهیل می کنند، RNA پلیمرازها را القا می کنند تا رونویسی را مهار کنند. ارتباط بین کمپلکس ها که سبب رونویسی، ترجمه، ترمیم و سایر فرایندهای سلولی می شوند سبب می شود تا از برنامه صحیح بیان ژن مطمئن شویم و مطمئن شویم که تحت شرایط استرس زا سلول زنده می ماند. این شبکه توسط پروتئین های کمکی که به عنوان یک پل بین RNA پلی مرازها، ریبوزوم ها و آنزیم های ترمیم کننده عمل می کنند حفظ می شود، این سبب می شود تا دریابیم که در این مورد فقط یک تنظیم کننده معنا نمی یابد. فهم تنظیم طویل شدن رونوشت به یک رویکرد کل ژنومی نیاز دارد تا دانسته های ما را تایید کند و ارتباطات تنظیمی جدیدی را آشکار سازد.
1-مقدمه
RNA پلی مراز (RNAP) یک کپی از RNA را از روی DNA الگو سنتز می کند، این مرحله اولین و قطعی ترین مرحله در بیان ژن می باشد. همه RNAPs که ژنوم سلولی را رونویسی می کنند آنزیم هایی با چندین زیرواحد هستند که یک هسته کاتالیزی مشابهی دارند. اصلی ترین RNAP باکتریایی، یک کمپلکس 5 زیرواحدی می باشد (α2ββ_ω)این کمپلکس یک مدل ساده برای مطالعه تعدادی ازRNAPs چند زیرواحدی می باشد...