چکیده
در این مقاله، مسئله ی یافتن جاذب ها در شبکه های بولی سنکرون مورد بررسی قرار میگیرد. الگوریتم های تصمیم بولی مبتنی بر دیاگرام که امروزه وجود دارد، به دلیل اینکه دیاگرام های تصمیم نیازمندی زیادی به حافظه دارند، از ظرفیت محدودی برخوردار هستند. الگوریتم های مبتنی بر شبیه سازی را میتوان بر روی شبکه های بزرگتر بکار برد، ولی چنین الگوریتم هایی کامل نیستند. در این مقاله، ما الگوریتمی را ارائه میدهیم که از مدل کرانه دار مبتنی بر SAT استفاده کرده تا تمامی جاذب ها در شبکه های بولی را پیدا کند. بهره وری این الگوریتم نیز به وسیله ی تحلیل هفت مدل شبکه از پروسه های بیولوژیکی واقعی ، و همچنین 150 هزار شبکه ی بولی که به تصادفی در اندازه هایی بین 100 و 7000 ایجاد شده اند، ارزیابی خواهد شد. نتایج بدست آمده نشان داده است که روش اتخاذی ما، این قابلیت را داشته تا مرتبه ی مقیاس مدل های بزرگتر را نسبت به مدل های فعلی مدیریت کند.
فهرست مطالب
1-مقدمه
2-مدل شبکه بولی
3-ایده ی اصلی
4- تشریح الگوریتم
5- کارهای مربوطه(پیشینه)
6-نتایج آزمایشی
7- نتیجه گیری
1-مقدمه
یک شبکه ی تنظیمی ژن(GNR) را میتوان مجموعه ای از بخش های DNA در یک سلول دانست، که ژن نام دارد دانست، که با همدیگر تعامل دارند[1]. هر ژن، شامل اطلاعاتی بوده که مشخص میکند که ژن چه کاری انجام میدهد و این ژن چه زمانی فعال یا منقضی است. زمانی که ژن فعال است، یک پروسه ای که رونویسی نام دارد رخ داده و یک اسید ریبونوکلئیک(RNA) که یک کپی از اطلاعات ژن بوده ایجاد میکند. این قسمت از RNA ، میتواند ترکیب پروتئین ها را هدایت کند. RNA یا مولکول های پروتئینی حاصله از پروسه ی رونویسی، به عنوان فراورده های ژن شناخته میشود.
بسیاری از مدل های ریاضی GRN که تا کنون پیشنهاد شده اند، شامل معادلات دیفرانسیل جزئی و معمولی، شبکه های بولی و قابلیت تعمیم آنها، شبکه های پتری، شبکه های بیزی، معادلات استوکاستیک هستند[2]. عموماٌ یک تنشی بین عمومیت یک مدل و قابلیت پی گیری وجود دارد. یک چارچوب ریاضی خوب ، بسته به مقیاس، ماهیت اطلاعات موجود و مسئله ی مطالعه شده انتخاب میشود.
در این مقاله، ما مدل شبکه ی بولی [3] را در نظر میگیریم که برای بهره برداری از GRN ها در زمینه ی دیفرانسیل سلولی [4]، پیش بینی دنباله چرخه سلول[5],[6] ، کامل بودن سیستم پاسخ دفاعی[7] و تکامل[8],[9] مفید میباشد. هر گره در یک شبکه ی بولی، متناظر با یک ژن میباشد. مقادیر ورودی گره ها، فرآورده های ژن را مشخص کرده و مقادیر خروجی آن نیز سطح نمایش ژن را مشخص میکند. یال های بین گره ها نیز تعاملات بین ژن ها را نشان میدهد. این تعامل یا میتواند به صورت فعالانه باشد که غلظت فراورده های ژن را در یک ژن افزایش داده و منجر به افزایش سطح نمایش ژن در یک ژن دیگر شده و یا میتواند به صورت بازدارنده صورت گرفته که افزایش یکی منجر به کاهش دیگری میشود. ماهیت تأثیر تنظیم کننده ها بر روی یک ژن، به وسیله ی یک تابع بولی که به گره ی متناظر تخصیص داده شده است منعکس میشود...
میتوانید از لینک ابتدای صفحه، مقاله انگلیسی را رایگان دانلود فرموده و چکیده انگلیسی و سایر بخش های مقاله را مشاهده فرمایید.