چکیده

 برای ایزوله کردن نواحی ژنومی به خصوصی که تعاملات مولکولی خود را حفظ کرده‌اند و امکان شناسایی مستقیم مولکول های متصل‌شونده به کروماتین را ایجاد می‌کنند، ما دو تکنولوژی رسوب‌گذاری ایمنی مختص جایگاه(لوکوس) کروماتین (locus-specific ChIP) ، ChIP الحاقی (iChIP) و ChIP میانجی شده با مولکول متصل‌شونده به DNAی مهندسی شده (enChIP)، با استفاده از سیستم خوشه‌های تکرارهای پالیندرومی کوتاه با فاصله‌ی منظم (CRISPR) یا پروتئین‌های شبه فعال‌کننده‌ی ترجمه (TAL) را، توسعه داده‌ایم. اساساً، ChIP اختصاصی لوکوس(جایگاه ژنی) شامل نواحی اتصال به لوکوس و خالص‌سازی براساس تمایل است و می‌تواند با تحلیل پایین‌دست برای شناسایی مولکول‌های مرتبط با نواحی ژنومی هدف ترکیب شود. در این مرور، ما درمورد کاربردهای ChIP مختص لوکوس برای تحلیل عملکردهای ژنوم، شامل رونویسی و تنظیم اپی‌ژنتیک بحث می‌کنیم.

-1مقدمه

فعالیت‌های زیستی دربرگیرنده‌ی عملکردهای ژنومی DNA نقشی حیاتی در تمام جنبه‌های ارگانیسم‌های زنده دارند. این عملکردها شامل رونویسی، تنظیم اپی‌ژنتیک، نقش‌پذیری ژنومی، دوز جبرانی مانند غیرفعال‌کردن کروموزوم X، و غیره است. برای فهم مکانیسم‌های مولکولی زمینه‌ای عملکردهای ژنومی، شناسایی مولکول‌های مرتبط با نواحی مورد نظر روی ژنوم لازم است. اخیراً تکنیک‌هایی توسعه یافته که ما را  به ردیابی تعاملات مولکولی در نواحی ژنومی قادر می‌کند. برای مثال، ثبت پیکربندی کروموزوم (3C)و مشتقات آن برای ردیابی تعاملات میان نواحی ژنومی مورد استفاده قرارگرفته است. به‌علاوه، پروتئومیک‌های کروماتین‌ ایزوله (PICh) برای شناسایی پروتئین‌های مرتبط با لوکوس‌های دارای چند تکرار مانند تلومرازها و سانترومرها به کاررفته است. در این مقاله، ما درمورد دو فناوری رسوب‌گذری ایمنی کروماتینی مختص لوکوس، ChIP الحاقی و ChIP مهندسی شده با واسطه‌ی مولکول متصل‌شونده به DNA، که آنها را به منظور تحلیل بیوشیمیایی عملکردهای ژنومی مختص لوکوس، مانند رونویسی و تنظیمات اپی‌ژنتیک توسعه دادیم، صحبت می‌کنیم...