Long noncoding RNAs (lncRNAs) have emerged as new regulators of stem cell pluripotency and tumorigenesis. The SOX2 gene, a master regulator of pluripotency, is embedded within the third intron of a lncRNA known as SOX2 overlapping transcript (SOX2OT). SOX2OT has been suspected to participate in regulation of SOX2 expression and/or other related processes; nevertheless, its potential involvement in tumor initiation and/or progression is unclear. Here, we have evaluated a possible correlation between expression patterns of SOX2OT and those of master regulators of pluripotency, SOX2 and OCT4, in esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) tissue samples. We have also examined its potential function in the human embryonic carcinoma stem cell line, NTERA2 (NT2), which highly expresses SOX2OT, SOX2, and OCT4. Our data revealed a significant coupregulation of SOX2OT along with SOX2 and OCT4 in tumor samples, compared to the non-tumor tissues obtained from the margin of same tumors. We also identified two novel splice variants of SOX2OT (SOX2OT-S1 and SOX2OT-S2) which coupregulated with SOX2 and OCT4 in ESCCs. Suppressing SOX2OT variants caused a profound alteration in cell cycle distribution, including a 5.9 and 6.9 time increase in sub-G1 phase of cell cycle for SOX2OT-S1 and SOX2OT-S2, respectively. The expression of all variants was significantly diminished, upon the induction of neural differentiation in NT2 cells, suggesting their potential functional links to the undifferentiated state of the cells. Our data suggest a part for SOX2OT spliced variants in tumor initiation and/or progression as well as regulating pluripotent state of stem cells

چکیده

RNAs غیر کدکننده بلند (lncRNAs) به عنوان تنظیم کننده های جدید پرتوانی سلول های بنیادی و تومورزایی ظهور کرده اند. ژن SOX2، که یک تنظیم کننده اصلی پرتوانی است، در سومین اینترون از یک lncRNA شناخته شده به نام رونوشت دربرگیرنده SOX2 (SOX2OT) قرار گرفته است. به نظر می رسد SOX2OT در تنظیم بیان SOX2 و یا فرآیندهای مرتبط با آن شرکت داشته باشد. با این وجود، درگیری احتمالی آن در شکل گیری و پیشرفت تومور نامشخص است. در این مطالعه وجود رابطه احتمالی میان الگوی بیانی SOX2OT و تنظیم کننده های اصلی پرتوانی، SOX2 و OCT4، را در نمونه های بافتی ESCC بررسی کرده ایم. همچنین، عملکرد احتمالی آن را در رده سلولی ESCC انسانی، NTERA2 (NT2)  بررسی کردیم که بیان بالایی برای SOX2، OCT4 و SOX2OT دارد. بررسی های انجام شده تنظیم افزایشی معنادار و همزمان SOX2OT با OCT4 و SOX2 را در نمونه های توموری نسبت به بافت های غیرتوموری بدست آمده از حاشیه همان تومور نشان داد. ما همچنین دو اسپلایس ورینت از SOX2OT در ESCC شناسایی کردیم (SOX2OT-S1, SOX2OT-S2) که تنظیم افزایشی همزمان با OCT4 و SOX2 دارند. سرکوب ورینت های SOX2OT باعث یک تغییر قابل توجه در توزیع چرخه سلولی شد که شامل یک افزایش بترتیب 9/5 و 9/6 برابری در فاز sub-G1 چرخه سلولی برای SOX2OT-S1 و SOX2OT-S2 بود. با القای تمایز عصبی در سلول های NT2، بیان همه ورینت ها به طور قابل توجهی کاهش یافت که نشان دهنده پیوندهای عملکردی احتمالی شان در حالت تمایزنیافته سلول ها می باشد. اطلاعات ما مشارکت ورینت های اسپلایس شده SOX2OT را در شکل گیری و/ یا پیشرفت تومور و نیز تنظیم حالت پرتوانی سلول های بنیادی پیشنهاد می دهد.

1-مقدمه

lncRNAs بخش بزرگی از رونوشت (ترنسکریپتوم) انسانی را تشکیل می دهند و سطح جدیدی از بیان ژن را به نمایش می گذارند. lncRNAs گروه متنوعی از RNAs غیرکدکننده را شامل می شوند که طول بیشتر از 200 نوکلئوتید داشته و فعالیت های زیستی متنوعی دارند. از جمله اینکه lncRNAs در تغییرات اپی ژنتیک DNA، پیام رسانی (سیگنالینگ) سیستم ایمنی و تنظیم فرآیندهای پرتوانی و تمایزی دخیل هستند...