Functional annotation is the process that assigns a biological functionality to a deoxyribonucleic acid (DNA) sequence. It requires searching in huge data sets for candidates, and inferring the most appropriate features based on the information found and expert knowledge. When humans perform most of these tasks, results are of a high quality, but there is a bottleneck in processing; when experts are largely replaced by automated tools, annotation is faster but of poorer quality. Combining the automatic annotation with expert systems (ESs) can enhance the quality of the annotation, while effectively reducing experts’ workload. This paper presents INFAES, a rule-based ES developed for mimicking the human reasoning in the inference stage of the functional annotation. It integrates knowledge on Biology and heuristics about the use of Bioinformatics tools. Its development adopts state-of-the-art methodologies to facilitate the acquisition and integration of new knowledge. INFAES showed a high performance when compared to the systems developed for the first large-scale community-based critical assessment of protein function annotation

چکیده

شرح عملکرد فرآیندی است که یک عاملیت زیستی را به یک توالی دزوکسی ریبونوکلئيک اسيد (DNA) تخصیص می دهد. این کار نیازمند این است که در مجموعه اطلاعات بزرگی به دنبال موارد مناسب بگردیم و مناسب ترین ویژگی ها را براساس قالب اطلاعات و دانش تخصصی استنتاج کنیم. وقتی انسان ها اغلب این وظایف را انجام می دهند، نتایج کیفیت بالایی دارند اما، یک تنگنا در پردازش کردن وجود دارد؛ زمانی که تخصص ها را با ابزارهای خودکار جابه‌جا  کنیم، مرحله استنتاج سریع تر اما با کیفیت ضعیف تری خواهد بود. ترکیب سیستم های تخصصی (ESs) و ابزارهای خودکار می تواند کیفیت استنتاج را افزایش دهد در حالی که به طور قابل توجهی بار کاری متخصصین را نیز کاهش می دهد. این مقاله سیستم تخصصی مبتنی بر قواعد توسعه یافته، INFAES، برای تقلید استدلال انسان در مرحله استنتاج شرح عملکرد را ارائه می دهد. این کار دانش زیستی و اکتشافی درباره استفاده از ابزارهای داده شناسی زیستی را ادغام می کند. این رشد و توسعه از به روزترین روش تحقیق ها برای تسهیل کردن کسب و ادغام دانش های جدید استفاده می کند. INFAES زمانی که برای اولین ارزیابی بحرانی مبتنی بر جامعه در مقیاس بزرگ شرح عملکرد پروتئین ها (CAFA) با سیستم های توسعه یافته مقایسه می شود، عملکرد بالایی را از خود نشان می دهد[1] .

1-مقدمه

یکی از چالش برانگیزترین وظایف ژن شناسی، پیش بینی عملکرد زیستی توالی های DNA می باشد که به آن شرح عملکرد گفته می شود. خروجی آن باید تا جای ممکن قابل اطمینان و دقیق باشد، زیرا در پیش بینی های بیشتری شامل پیش بینی تفاسیر جدید استفاده خواهد شد. امروزه شرح عملکرد برای متخصصان یک وظیفه زمان بر و پرکار می باشد. این کار نیازمند درجه بالایی از تخصص است تا بتواند از از ابزارها، الگوریتم ها و منابع اطلاعاتی مناسب به منظور جمع آوری اطلاعات مربوطه استفاده کند و تصمیمات شایسته را اتخاذ کند. مقدار اطلاعات ژن شناسی که مخصوصا در سال های اخیر تولید شده اند، این روش دستی را تنها برای مجموعه اطلاعات مختصر و کوچک امکان پذیر کرده اند. علاوه بر این این ممکن است که تفاسیر متضاد و متنوعی از تحلیل را نیز به وجود آورد...