چکیده

پروتئین های متصل شونده به DNA نقش‌های بسیار مهمی را در عملکردهای مختلف سلولی ایفا می‌نمایند. ایجاد برنامه‌هایی با بازده و توان عملیاتی بالا برای تشخیص سریعتر و موثرتر پروتئین های متصل شونده به DNA، یکی از عمده ترین چالش‌ها در زمینه‌ی تفسیر ژنوم است. درحالیکه با نگرش به این مسائل، تلاشهای بسیاری انجام گرفت، اما همچنان تلاش بیشتری برای پیش‌بینی قویتر مورد نیاز بود. با در هم آمیختن ویژگیها در قالب کلی ترکیب پسودو آمینو اسید، که از توالی‌های پروتئینی استخراج شده بود، همراه با دخالت دادن "مدل خاکستری" و اتخاذ عملیات مهندسی رندوم فورست، یک پیش‌گوی جدید را با نام iDNA-Prot به منظور تشخیص پروتئین‌های با عملکرد نامشخص در اتصال به DNA،  و طبقه بندی آنان بعنوان پروتئین‌های متصل شونده به DNA و پروتئین‌های غیر متصل شونده به DNA فقط براساس اطلاعات توالی پروتئینی آنها پیشنهاد نمودیم. با در نظر گرفتن اینکه مجموعه داده‌ی الگو، با دقت فراوان انتخاب شد، بطوریکه در مقایسه‌ی توالی‌ها در هر زیر مجموعه، تطابق توالی بیش از 25% وجود نداشت، تست جک‌نایف بر روی داده‌ها انجام شد و در صد موفقیت کلی 96/83 بدست آمد. بعلاوه، برای دست یابی به میزان موفقیت بالاتر زمان محاسباتی در درست این پیش‌گو بطور قابل ملاحظه‌ای در مقایسه با پیش‌گوهای دیگر ساخته شده مشابه ، کوتاهتر بود. بدین ترتیب تخمین زدیم که iDNA-Prot یکی از مفیدترین و پربازده‌ترین ابزراهای آنالیز پروتئین‌های متصل شونده به DNA در مقیاس‌های بزرگ باشد. iDNA-Prot بعنوان وب‌گاهی مساعد برای کاربران که برای استفاده‌ی عموم نیز آزاد می‌باشد در نشانی http://icpr.jci.edu.cn/bioinfo/iDNA-Prot یا http://www.jci-bioinfo.cn/iDNAProt   در دسترس است. به منظور راحتی بیشتر محققانی که اکثریت غالب آنها دانشمندان تجربی می‌باشند،  در استفاده از آن راهنمای مرحله به مرحله‌ای در مورد چگونگی استفاده از وب‌گاه و بدست آوردن نتایج مطلوب فراهم شده است.
فهرست مطالب

1-مقدمه

2-مواد و روش‌ها

1-2-مجموعه داده الگو

2-2-ترکیب نوینی از پسودو آمینو اسید در مدل خاکستری

3-2-الگوریتم پیش‌بینی

3-نتایج و بحث

1-مقدمه

پروتئین‌های متصل شونده به DNA نقش‌های حیاتی را در بسیاری از فرآیندهای سلولی از جمله، شناسایی توالی‌های نوکلئوتیدی اختصاصی، تنظیم رونویسی و تنظیم بیان ژن ایفا می‌کنند. در حال حاضر، تکنیک‌های آزمایشگاهی مختلفی از جمله آزمون غربالگری اتصالی، آنالیز ژنتیکی، آزمون میکرواری برای تشخیص ایمنی شناسی کروماتین و کریستالوگرافی اشعه ایکس برای شناسایی پروتئین‌های متصل شونده به DNA مورد استفاده قرار گرفتند. با وجود اینکه تمامی این تکنیک‌ها قابلیت ارائه‌ی تصاویر همراه با جزئیات اتصال را دارند، اما همه  زمان‌بر و گران می‌باشند. تعداد پروتئین‌های جدید و درحال کشف با سرعت بسیار بالایی در حال افزایش است....